Ζεσταίνουμε το ελαιόλαδο σε μέτρια θερμοκρασία και προσθέτουμε τα κρεμμύδια.

Χαμηλώνουμε λίγο τη θερμοκρασία και αφήνουμε τα κρεμμύδια να μαγειρευτούν, ανακατεύοντας τακτικά.

Προσθέτουμε το θυμάρι και αλατοπιπερώνουμε σύμφωνα με τη γεύση μας.

Αποσύρουμε το σκεύος από την εστία όταν τα κρεμμύδια είναι μαλακά και έχουν αποκτήσει ένα ωραίο χρυσαφένιο χρώμα (έχουμε υπόψη ότι ο συνολικός χρόνος μαγειρέματος είναι 40-45’).

Βράζουμε τα ζυμαρικά σύμφωνα με τις οδηγίες της συσκευασίας τους. Κρατάμε ½ κούπα από το νερό μέσα στο οποίο έβρασαν και κατόπιν τα στραγγίζουμε.

Σε μπολ ανακατεύουμε ζωηρά το γιαούρτι μαζί με το νερό από τα ζυμαρικά.

Ρίχνουμε τα ζυμαρικά πίσω στην κατσαρόλα και τα περιχύνουμε με το γιαούρτι.

Μοιράζουμε αμέσως σε πιάτα και τα σερβίρουμε με τα καραμελωμένα κρεμμύδια και άφθονο τριμμένο τυρί.